لعشرات من السنين، كان هذا المركز مقراً للمستشفى المعمداني والذي تأسس في العام ١٩٥٢. في العام ١٩٧٤ تم بناء مستشفى معمداني جديد شرق المستشفى القديم، فأصبح هذا الأخير سكناً للعاملين بالمستشفى.
في العام ١٩٨٧ تم بيع المستشفى المعمداني الجديد للحكومة الأردنية وأصبح اسمه مستشفى الإيمان. أما المستشفى القديم والأراضي المحيطة به فبقيت ملكاً للطائفة المعمدانية. ونظراً لحاجة الكنيسة في الأردن لمكان لعقد المؤتمرات فيه، قامت الإرسالية المعمدانية مشكورةً باستخدام الأموال التي قبضتها من الحكومة الأردنية ثمناً للمستشفى، لتأهيل المكان ليصبح مقراً لمؤتمرات الكنيسة المعمدانية بشكل خاص والكنائس الأُخرى بشكل عام.
في العام 1987 بوشر بالعمل على تأهيل المستشفى المعمداني القديم ليكون مركزاً خاصاً بلقاءات الكنائس المعمدانية التي زاد عدد أعضاءها عبر السنين.
تبلغ المساحة الكلية للمركز بأجنحته الثلاثة حوالي الثلاثين دونماً. ويغطي معظم مساحته أشجار الصنوبر والسرو الدائمة الخضرة. 
في بداية التسعينات تسلّمت الطائفة المعمدانية إدارة المركز المعمداني في عجلون. ومنذ ذلك الحين استمروا في تأهيل وتطوير المكان بإضافة مباني جديدة وصيانة المباني القائمة. كما قامت إدارة المركز بتحديث الغرف والقاعات فصار مركزاً حديثاً ومتطوراً يصلح لكافة المؤتمرات واللقاءات الروحية والكنسية.
على مر الأعوام وبفضل جهود كثيرين أصبح المركز المعمداني في أرياف عجلون مكاناً جميلاً وجذاباً لكل زواره ورواده، وكل من زاره أو أقام فيه يشهد عن جمال المكان والسكينة التي يتمتع بها.
سابقاًً، كان الناس يرتادون هذا المكان طلباً لشفاء أجسادهم، أما الآن، فإن غاية المركز وأمله أن يساهم في راحة رواده من كافة النواحي، جسدياً وروحياً ونفسياً.